STIPER Kutai Timur didirikan di Kutai Timur sebagai wahana untuk menjembatani pemerataan pendidikan. Oleh karena itu,sasaran utama penelitian dan pengabdian STIPER Kutai Timur adalah optimalisasi  pendidikan, penelitian,pengabdian dan pengembangan ilmu pertanian melalui pemanfaatan lahan pasca tambang dan marginal, serta pengembangan berbagai komoditi pertanian di lahan perkebunan, hutan dan wilayah pesisir untuk mendukung pengembangan agribisnis dan agroindustri yang berkelanjutan, yang juga merupakan visi dari STIPER Kutai Timur itu sendiri. Capaian yang dikehendaki adalah menjadi pusat riset unggulan di bidang pertanian, kehutanan, pangan, lingkungan, dan sosial kemasyarakatan yang dapat menjawab tantangan-tantangan yang terdapat di Indonesia dan menjabarkannya aksi-aksi nyata untuk pembangunan, khususnya di Kutai Timur.