Sekolah Tinggi Pertanian Kutai Timur dipimpin oleh seorang Ketua dan di bantu oleh 3 orang Wakil Ketua.

Ketua: Prof. Dr. Ir. Juraemi, M.Si

Wakil Ketua I bidang Akademik: Rosdianto. S.Pi., M.Si

Wakil Ketua II bidang administrasi dan Keuangan: Mufti Perwira Putra, S.Hut., MP.

Wakil Ketua III bidang Kerjasama, alumni, dan Kemahasiswaan: La Sarido, SP., MP.