Badan Hukum Pengelola Sekolah Tinggi Pertanian (STIPER) Kutai Timur adalah Yayasan Pendidikan Kutai Timur (YPKT), yang didirikan sejak 8 Agustus 2001. Dalam kesehariannya, YPKT dijalankan oleh pengurus yayasan yang 
bertugas untuk mendukung keberlangsungan STIPER Kutai Timur baik secara moril maupun materiil. Struktur organisasi YPKT yang berlaku saat ini adalah, sebagai berikut: 

Dewan Pembina 
Ketua: Drs. H. Irawansyah
Anggota : Dr. H. Edward adzran, M. Si 

Pengurus 
Ketua Umum: Imam Wahyudi, S.Si 
Wakil Ketua: Ir. Nurul Karim
Sekretaris: Arif Wibisono, S.TP 
Wakil Sekretaris: Drs. Syafrani, M.Si 
Bendahara: Muh. Rodiansyah, SE., Ak, Ac, M.Si